शैलिकी प्रयोगशालाएं हैदराबाद (मुख्यालय); नई दिल्ली (उत्तरी क्षेत्र); बेंगलुरु (दक्षिणी क्षेत्र); जमशेदपुर (पूर्वी क्षेत्र); शिलांग (पूर्वोत्तर क्षेत्र); जयपुर (पश्चिमी क्षेत्र); नागपुर (मध्यवर्ती क्षेत्र) और चेर्लापल्ली, हैदराबाद (दक्षिण मध्यवर्ती क्षेत्र) में स्थित हैं | इन सभी प्रयोगशालाओं में शैल, अयस्क एवं खनिजों के परावर्तित एवं पारगत प्रकाश में अध्ययन हेतु अत्याधुनिक पोलाराइजिंग रिसर्च माइक्रोस्कोप के साथ प्रतिबिम्ब विश्लेषण सॉफ्टवेयर, स्टीरियो माइक्रोस्कोप द्वरा कणों की गणना और थिन तथा पॉलिश सेक्शन बनाने के लिए आधुनिक सुविधाएँ उपलब्ध हैं | हैदराबाद, नई दिल्ली, जमशेदपुर और जयपुर की चार प्रयोगशालाएँ में तरल अंतर्वेशन (फ्लूइड इन्क्लुजन) अध्ययन के लिए तापक और शीतलन स्टेज के साथ अत्याधुनिक माइक्रो थर्मामीटरी उपकरण भी उपलब्ध हैं ।
प्रयोगशालाओं में विस्तृत क्रम के कार्यों में एसएसएनटीडी अध्ययन के अतिरिक्त विभिन्न प्रकार के रेडियोधर्मी और गैर-रेडियोधर्मी शैलों, खनिजों, मृतिका, बालू और नदी अवसादों के अभिलक्षणन का कार्य विस्तारपूर्वक किया जाता है | प्रयोगशालाएं विभिन्न प्रकार के भौमिकीय पदार्थों के विस्तृत शैल-खनिजीय अध्ययन के साथ प्रमुखतः रेडियोधर्मी खनिजों की पहचान एवं उनके अभिलक्षणन के कार्य में सक्रिय हैं |